Q.U.B.E. 2 est la suite de Q.U.B.E., le célèbre jeu d’énigmes à la première personne. Vous incarnez Amelia Cross, une archéologue se réveillant mystérieusement dans un environnement extra-terrestre, au milieu de ruines balayées par le sable. Avec l’aide à distance que vous apporte une autre survivante, le commandant Emma Sutcliffe, vous devez traverser et manipuler la structure de ce monde oublié tout en cherchant un moyen de rentrer chez vous. À votre réveil, vous portez une combinaison et des gants étranges, et ne disposez d’aucun élément pouvant expliquer votre présence dans cet endroit. Un monolithe labyrinthique vous attend, une structure au sein de laquelle vous devrez vous orienter tout en résolvant des énigmes complexes. Vos gants de manipulation vous permettront de modifier la structure architecturale tout en cherchant à retrouver l’autre survivante et quitter la planète.

Q.U.B.E. 2 vous immerge dans un monde extraterrestre délabré, et dans le rôle de l'archéologue Amelia Cross vous devez changer l'espace environnant et travailler avec d'autres survivants pour trouver le chemin de la maison. Au cours de la résolution des énigmes rencontrées sur le chemin, vous devez apprendre l'incroyable vérité sur votre véritable destin et les origines du monde dans lequel vous vous êtes trouvé - cela vous ébranlera jusqu'au cœur.